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2026-05-26 3 医药医疗器械行业报告
过去十年间,AI 在计算化学中的应用经历了从早期基于规则的专家系统、定量构效关系 (QSAR)模型,向深度生成模型和自动化智能体系统的演进。当前,分子生成方法主要 分为基于配体的分子生成(LBMG)和基于结构的分子生成(SBMG)。基于配体的分子 生成方法依据已知活性分子的骨架与属性生成新分子,但由于训练过程中缺乏靶点口袋信 息,无法建模分子与靶蛋白的相互作用,且易受训练集骨架多样性不足的影响,生成分子 的结构多样性有限,在突破专利壁垒方面存在局限。基于结构的分子生成(SBMG)方法 则利用靶蛋白三维结构信息,如活性位点或结合口袋的几何与化学特征引导分子生成与优 化,能够直接纳入分子-靶蛋白相互作用的约束,设计精度上优于配体方法。常见的数据来 源主要包括 1)各类小分子数据库如 ZINC 数据库、ChEMBL 数据库等,2)基准数据集, 如 MOSES 数据集和 QM9 数据集等,3)提供序列信息的 Uniprot 数据库,4)提供蛋白质- 配体复合物数据的 CrossDock 数据集和 PDBbind 数据库等。

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