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癌症早筛行业报告:中外同台竞技的新兴赛道(68页)

行业报告下载 2020-09-20 1 管理员

基于 NGS 的甲基化检测技术主要有三种,分别是覆盖所有甲基化位点的全基因组 DNA 甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)技术;基于 Mspl 酶切的 RRBS(Reduced representation bisulfite sequencing,RRBS),它所覆盖的 CpG 位点由酶切位点“CCGG”决定,随着片段分选大小动态变化;以及基于探针 杂交的甲基化捕获平台,比如 Roche SeqCap Epi CpGiant Kit 和 Agilent SureSelect  MethylSeq Kit。三种技术都可以达到单碱基分辨率并获得单个分子的甲基化模式。其中,WGBS 是 DNA 甲基化研究的金标准,它通过亚硫酸氢盐处理和全基因组 DNA 测序结合的方式,对整个基因组上的甲基化情况进行分析,具有单碱基分辨 率,可精确评估单个 C 碱基的甲基化水平,构建全基因组精细甲基化图谱。相比 之下,甲基化捕获和 RRBS 性价比更高,仅使用 WGBS 测序数据的 1/3,就可以 达到 100x 左右的平均深度。CpG 位点覆盖率方面,Nimblegen 平台覆盖的位点最 多(5.5M),Agilgent 其次(3.7M,~13%),RRBS 覆盖总 CpG 的 8%~10%(与片 段分选的长度相关)。RRBS 成本最低,但对于甲基化位点的覆盖依赖 DNA 的完 整度和片段分选技术,实际测序时覆盖的位点可能会与预期有较大差距,在不同 样本中的一致性也会受到影响。综合来看,WGBS 覆盖所有甲基化位点同时成本 最高;甲基化捕获平台比 WGBS 成本更低,较 RRBS 数据更稳定;RRBS 成本最 低相对应的甲基化位点覆盖最少。

对癌症早筛检测手段的评估有两个关键性指标:灵敏度(sensitivity)和特异性 (specificity)。灵敏度是指在整体检测人群中正确识别阳性患者的比例,而特异 性表征的是正确识别阴性患者的能力,即检测认为的阳性患者中真正阳性患者的 比例。如果没有癌症的患者被检测认为是癌症阳性患者,这些患者即为假阳性患 者。以特异性和灵敏度分别作为横轴、纵轴,可以做出 ROC 曲线,曲线下面积(AUC) 可以作为衡量检测精准度的指标。理想情况下 AUC 值应该为 1.0,即灵敏度为 100%,检测出所有阳性患者;特异性为 100%,所有检测阳性的患者都是真阳性 患者。当前测试方法普遍达不到这样的精准度,但总体来说,数值越大,检测越 精准。液体活检早筛相比传统检测具有患者痛苦小、可实现早期及极早期筛查、可实现 多癌种同步覆盖、可重复取样实现高频监测等诸多优势。分癌种来看,我们认为 液体活检早筛在在肝癌、结直肠癌和胰腺癌中最具发展前景,胃癌和食管癌中也 具有一定的应用潜力,但检出率有待进一步提高。 技术层面上,现有的液体活检主要关注 ctDNA 甲基化和 ctDNA 基因突变。相比 ctDNA 基因突变,甲基化更能说明癌症的存在;而且 ctDNA 甲基化不仅可以增加 肿瘤早期筛查的灵敏度,还可以做到肿瘤溯源,是相对理想的早筛标志物。目前 选择基于 ctDNA 甲基化检测进行癌症早筛的企业相对多一些,但仅靠单一分子标 志物很难提高早筛的灵敏度和特异性,未来用于癌症早筛的液体活检策略很可能 会融合不同的分析物,综合不同的技术手段。

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标签: 医药|医疗|器械|养老|医美

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